Эволюция живых существ может быть понята только в контексте геологического времени.
Прокариоты. Настоящие бактерии. Одноклеточные организмы с весьма сложной клеточной оболочкой, но не имеющие ядра, отделенного от цитоплазмы мембраной. Известны колониальные организмы, но многоклеточные среди прокариот полностью отсутствуют. Филогенетический анализ бактерий показывает существование многих групп бактерий, однако взаимоотношения многих групп неясны.
Бактерии существуют во всех средах обитания и часто сохраняют жизнеспособность в самых экстремальных условиях. Значительная скорость размножения и высокая изменчивость популяций бактерий обеспечили им выживание в агрессивных условиях, существовавших на Земле несколько миллиардов лет назад.
Прокариотная клетка представляет собой самую простую степень организации жизни, в которой генетический материал (ДНК) не собран вместе в ядре, а распределен по всей клетке. Единственная нить ДНК в одной точке присоединена к плазматической мембране. Цитоплазма не содержит митохондрий и органелл. Прокариоты были самыми ранними жизненными формами на Земле, и они все еще составляют основную биомассу жизни на Земле. Первые находки следов эубактерий имеют возраст 3.8–3.5 млрд. лет и принадлежат сине-зеленым водорослям (цианобактериям). Это самые ранние формы жизни на земле.
За исключением цианобактерий ископаемые находки других бактерий не очень распространены. Некоторые производят микроскопические каналы в камнях или раковинах животных, такие бактерии называются эндолитическими и их следы наблюдаются в течение всего фанерозоя. Бактерии находят также в янтаре и в мумифицированных тканях. Одни из наиболее удивительных — магнетобактерии, группа бактерий, которые образуют крошечные кристаллы размером в нанометры из магнетита (окись железа) в своих клетках. Кристаллы магнетита, поддающиеся распознанию как бактериальные продукты найдены в отложениях возрастом 2 млрд. лет. Многие виды бактерий являются активными породо- и рудообразователями (железо-, серобактерии и т.д.).
В австралийских песчаниках штата Западная Австралия в формации Стрелли Пул, представляющей собой древнюю береговую линию раннего архея, найдены останки бактерий возрастом 3.43 млрд. лет. Эти серные бактерии, которые существовали в отсутствие кислорода, являются на данный момент самыми древними находками живых организмов на Земле. Идентифицированы клеточные полости, углистые клеточные оболочки, обогащенные азотом. Серобактерии имели сфероидную и эллипсоидную форму и группировались в грозди и цепочки. Окаменелости найдены в окружении микрокристаллов неокисленного пирита, который является результатом жизнедеятельности серных бактерий.
Eobacterium isolatum. Эобактерия одиночная. «Одиночная бактерия рассвета». Начало мезоархея 3.2 млрд. лет назад, Южная Африка (Восточный Трансвааль). Окаменевшие остатки крошечных микроорганизмов. Имеют палочковидную форму длиной 0.45–0.7 мкм и 0.18–0.32 мкм в поперечнике. С помощью электронного микроскопа удалось определить, что они покрыты двухслойной оболочкой, имеющей толщину всего 0,015 мкм. Структура очень простая и близко напоминает современные бактерии.